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舟山出入境检验检疫局是由原舟山进出口商品检验局、舟山进出境动植物检疫局、舟山国境卫生检疫局三局合并组建而成，于1999年11月19日正式挂牌成立。是国务院有关部门设在舟山口岸的正县（处）级涉外行政执法机构，隶属浙江出入境检验检疫局直接领导和管理。负责舟山口岸出入境卫生检疫与进口食品卫生监督检验、动植物检疫和进出口商品的检验、鉴定、监管工作，防止疫病、疫情传入传出，保护人民健康与工农业生产安全和进出口商品的安全卫生和质量，捍卫国家利益，促进舟山对外经济贸易健康发展。
舟山出入境检验检疫局下设12个行政处室、1个直属事业单位和1个办事处：办公室、政工处、财务处、法制与综合业务处、科技认证处、 卫生检疫处、动植物检验检疫处、食品检验监督处、机电轻纺检验处、鉴定管理处、检务处、岱山现场办，综合技术服务中心（下辖舟山出入境检验检疫技术中心、浙江国际旅行卫生保健中心舟山分中心、机关服务中心）和六横办事处。
舟山出入境检验检疫局现有干部职工107人，其中公务员72人，事业35人，拥有一支综合性、多专业、多学科的专业技术队伍，一个技术力量雄厚、检测手段比较齐全的综合性检验检疫机构。现拥有水产品实验室、油品实验室、保健中心综合实验室和动植检实验室等，并按ISO/IEC17025要求建立了内部质量管理体系。其中水产品实验室、油品实验室已经获得中国实验室国家认可委员会（CNAL）认可。
近年来，舟山出入境检验检疫局紧抓港口发展机遇，坚持以一流的精神状态、一流的服务水准、一流的工作业绩和一流的职工队伍，依法行政，严把国门，深化检验检疫模式改革，创新“科技兴检”手段，检验检疫业务量持续增长，疫病疫情检出率不断提高，在维护国家经济利益、保证工农业生产安全、保护消费者权益方面发挥越来越重要的作用，为舟山的跨越式发展和经济社会的和谐作出新的贡献。
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